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Este lugar de importancia comunitaria se encuentra en el extremo septentrional de la provincia de Burgos (Castilla y León), lindando con Cantabria en la vertiente meridional del LIC Montaña Oriental con el que hace frontera.
Si bien en sentido estrictamente geográfico este pequeño LIC de poco más de 2.000 hectáreas no se encuentra en la cuenca hidrográfica del río Miera, en sentido hidrogeológico se encuentra plenamente integrado en la misma, puesto que el macizo de Castro Valnera y montañas anexas es en realidad un gran karst conectado subterráneamente, encontrándose aquí parte de las mayores cavidades ibéricas.
Su situación relativamente aislada con respecto al resto de sistemas montañosos, la extremada humedad y la gran variedad litológica de la zona condiciona el aislamiento de las comunidades vegetales, entre las que destacan las zonas higroturbosas.
Desde el punto de vista botánico es conocido desde antiguo este lugar por la presencia y el hallazgo de una serie de especies aisladas en torno al Macizo, que junto con otro gran número de especies raras o escasas, encuentran aquí unas de sus poblaciones más importantes, situadas en su área límite de distribución. La importancia del lugar también radica en la diversidad de su flora, que presenta endemismos y especies boreoalpinas, como Gentiana boryi Boiss.
Los principales hábitats presentes en los Montes de Valnera son brezales secos europeos y hayedos acidófilos atlánticos con sotobosque de Ilex y a veces de Taxus. Destacan también importantes masas boscosas en los valles circundantes, dominadas generalmente por hayedos y otros bosques singulares y formaciones arbustivas de interés.
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