Esta ZEC situada en la franja costera presenta tres unidades ecológicas diferenciadas. La desembocadura del río Miera en la Bahía de Santander, a través de la Ría de Cubas; el sistema dunar de El Puntal-Somo-Loredo; y las islas de Santa Marina y Mouro.
El elemento central de esta ZEC es el extenso sistema dunar que se extiende desde Loredo hasta Punta Rabiosa a lo largo de más de 4 kilómetros. Este sistema se encuentra en constante evolución, dependiente de la dinámica marina y los aportes sedimentarios procedentes del río Miera y la Bahía de Santander.
Así, la parte oriental del sistema, próxima a Loredo, está sufriendo procesos erosivos con una progresiva desaparición de las dunas de esta área. Mientras que en la zona central, en los alrededores de Somo, existe cierto equilibrio erosión-sedimentación. El extremo occidental caracteriza, en cambio, por un predominio de la sedimentación, lo que provoca un constante crecimiento de la Punta Rabiosa en dirección oeste, adentrándose cada vez más en la Bahía de Santander.
Además de ello, el estuario del Miera presenta amplias zonas intermareales, ocupadas por bancos de arena y fangos sobre los que se desarrollan matorrales halófilos, con una sucesión de asociaciones vegetales condicionadas por el grado de influencia marina, siendo todas ellas de notable importancia ecológica.
Los hábitats que ocupan mayor superficie son todas las zonas someras cubiertas por la lámina de agua, es decir, estuarios y grandes calas y bahías poco profundas. En sus orillas, aparecen diferentes formaciones halófilas, como vegetación anual pionera con Salicornia y otras especies de zonas fangosas o arenosas, pastizales salinos atlánticos, matorrales halófilos mediterráneos y termoatlánticos. Más hacia el interior, debe ser destacada la formación de Brezales secos atlánticos costeros de Erica vagans.
En las zonas de dunas es posible distinguir tres tipos de formaciones, dunas móviles de litoral con carrizo (dunas blancas), dunas costeras fijas con vegetación herbácea (dunas grises) y dunas fijas de litoral.
En esta zona destacan entre la fauna, los murciélagos de herradura y grande de herradura, murciélago de cueva, el murciélago ratonero, el lagarto verdinegro, el salmón atlántico, el caracol de Quimper, y los insectos, caballito del diablo y ciervo volante. Además del helecho relíctico macaronésico del Terciario Woodwardia radicans, de distribución macaronésica, norteafricana y norte ibérica.
Isla de Santa Marina en la ZEC Dunas del Puntal y Estuario del Miera
