La Reserva Natural de Malcata (creada el 16 de octubre de 1981) es una parte relativamente pequeña (alrededor del 20%) del área de la Zona de Protección Especial y el Sitio de Interés Comunitario Malcata, siendo también Reserva biogenética del Consejo de Europa.

Se caracteriza por la presencia del relieve marcado de la sierra de Malcata, con una altura media de 800 m, pendientes pronunciadas y líneas de agua que dan lugar a valles relativamente estrechos y con notoria escasez de tierras agrícolas. La sierra es parte de la divisoria entre las cuencas del Tajo y del Duero, en la que nace el río Coa.

Pueden observarse ejemplos bien conservados de manchas arbóreas, así como los resultados de la reciente recuperación de la vegetación autóctona que ha tenido lugar desde el fuerte abandono agrícola en los años sesenta del siglo XX, asociada a una disminución profunda de la presión de pastoreo.

En las áreas más al norte se encuentran bosques de rebollo o melojo y en las áreas más al sur abundan los núcleos de encinas y de alcornoque. Son también importantes las áreas de dehesa y de fresnedas en los bordes de las masas de agua. A lo largo de las corrientes fluviales se destacan las formaciones de bosque de ribera, dominadas por los alisos que conforman un hábitat clasificado de prioritario para su conservación.

También debe ser destacada la presencia de estanques temporales mediterráneos de pastizales meso-higrófilos y de comunidades de cambronales (endemismo ibérico).

En cuanto a la fauna presente en esta zona, la Reserva de Malcata constituye el límite sur de la distribución de lobo en Portugal, y el valle de Côa deberá tener en el futuro un papel importante en la conexión de las poblaciones de lobos al sur del Duero. Igualmente es de destacar la presencia histórica de lince ibérico, siendo esta zona una de las primeras candidatas a ser recolonizada por esta especie si continua su actual ritmo de expansión.

Los bosques de melojo situados al norte del área de la ZEPA son un hábitat excelente para el abejero europeo, el águila calzada, el águila culebrera y el milano real. Los matorrales dominados por arbustos son importantes para el aguilucho cenizo y el aguilucho pálido, siendo un medio especialmente rico en paseriformes.

En la región central surgen brezales intercalados con zonas tradicionales de centeno, hoy prácticamente inexistentes. Hacia el sur, las laderas de la ZEPA presentan bosques de encina y madroño, utilizadas para nidificar por la cigüeña negra, el busardo ratonero, el buitre negro, el águila culebrera, el búho real.