FNYH colabora en diversos proyectos de conservación con el objetivo de contribuir a la conservación de lugares mega biodiversos y amenazados en zonas tropicales y subtropicales.

La Fundación ha desarrollado y apoyado iniciativas para la conservación de la Reserva Biológica de Carara, en Costa Rica, manejo sostenible de pesca fluvial en el Río Paraná Argentina y del Parque Nacional de Tai, en Costa de Marfil. Además se está apoyando el desarrollo de una reserva comunitaria en Tanzania, dentro del complejo de parques y reservas próximas al ecosistema del Mara, Serengueti y Arousha.

FNYN está trabajando en la conservación de los últimos remanentes de Selva Atlántica de Sudamérica, lugar del que solamente sobrevive alrededor del 7% del bioma original y que es un hot spot que concentra un ecosistema Mega biodiverso cada vez más escaso y deteriorado.

La fragmentación del hábitat, grado de amenaza global del bosque y presión humana hace que una gran parte de sus especies se encuentren en peligro de desaparición, tales como el Loro Vinoso, el mono Carayá Rojo o el Jaguar.