El Ecomuseo-Fluviarium ofrece al visitante distintas áreas:

Área de recepción, punto de información y tienda. Esta primera sala se corresponde con la zona de recepción de los visitantes. Además, alberga la tienda del Ecomuseo en la que se pueden encontrar productos de artesanía, reproducciones en peluche de la fauna de la zona, publicaciones de naturaleza y una interesante selección de libros sobre los Valles Pasiegos para niños y mayores.

Área expositiva: El área expositiva está repartida en dos plantas, en ellas se incluyen una gran variedad de elementos expositivos, todos ellos relacionados con el medio natural y el legado etnográfico pasiego. Algunos de los principales elementos expositivos que podemos encontrar son:

Cubo expositor: en el que se recogen los cuatro aspectos más destacados de las Montañas Pasiega y Oriental y sus cuencas: paisaje de prados y cabañas, importancia del agua como recurso, diversidad ecológica y riqueza del mundo subterráneo.

Estratos altitudinales: se trata de una recreación de los pisos bioclimáticos del área. En dichos estratos se pueden observar recreaciones, a tamaño real, de las principales especies faunísticas que habitan en estas montañas, así como de la flora allí existente.

Reproducción de una cabaña pasiega con detalles exteriores e interiores, con referencias a los útiles cotidianos del pueblo pasiego. A su vez, esta cabaña va acompañada por diversos recursos divulgativos, que detallan los principales valores que posee el patrimonio etnográfico de la pasieguería y sus costumbres cotidianas.

Paneles explicativos sobre los impactos ambientales producidos por las talas masivas que sufrieron los montes pasiegos durante los siglos XVI, XVII y XVIII.

Fluviarium: Este conjunto de acuarios fluviales es uno de los elementos más espectaculares del Ecomuseo. Se trata de la reproducción del hábitat de un río cantábrico, con sus especies más emblemáticas. En concreto, cuenta con ejemplares vivos de nutria, trucha, esturión, cangrejo de río europeo y anguila, entre otras especies.

Sala de audiovisuales: Con capacidad para 47 personas, se encuentra equipada con un importante equipo multimedia, preparada para celebrar actos diversos (charlas, conferencias, etc.). Acoge la proyección de un audiovisual que muestra al visitante la riqueza del patrimonio ecocultural, así como la labor conservacionista de la Fundación Naturaleza y Hombre de la zona.